引言
上篇说到CNV检测方法已经有很多了，并且不同的检测方法适用于不同类型的测序数据。针对WES，WGS，Panel，SNParray或Single Cell数据，人们开发了不同的拷贝数变异检测方法。当然总的来说，所有的方法都会包含上篇说的几个步骤，但是不同方法会使用不同的算法去解决这几个步骤的问题。下面我会汇总拷贝数变异检测的软件，罗列各个软件的开发语言，适用的数据类型，以及软件下载路径和参考文献。
软件汇总
| 软件名称 | 适用数据类型 | 开发语言 | 软件下载路径 | 参考文献 |
|---|---|---|---|---|
| CNVkit | WGS/WES | Python | ||
| cnvnator | WGS | C++ | CNVnator | |
| canvas | WGS | C# | Canvas | |
| gatk-cnvcaller | WGS/WES | Java | ||
| cn.MOPS | WES | R | ||
| ERDS | WGS | Perl | ERDS | |
| cnv-seq | WGS | Perl | CNVseq | |
| Increment_Ratio_of_Coverage | WGS | Perl | CNVseq | |
| GWCNV | WGS | GWCNV | ||
| CNVPanelizer | WES | R | CNVPanelizer | |
| DECoN | WES | R | DECoN | Pubmed |
| CONTRA | WES | CONTRA | ||
| Atlas-CNV | WES | R | Atlas-CNV | |
| panelcn.mops | Panel | R | panelcn.mops | |
| ximmer | ||||
| DeviCNV | WES | Python | DeviCNV | |
| Genome STRiP | WES | Genome STRiP | ||
| XHMM | ||||
| ExomeCNV | WES | ExomeCNV | ||
| ExomeCopy | WES | ExomeCopy | ||
| ExomeDepth | WES | ExomeDepth | ||
| CoNIFER | WES | CoNIFER | ||
| cnvOffSeq | WES | cnvOffSeq | ||
| ClinCNV | WES/WGS | ClinCNV | ||
| HoneyBADGER | SingleCell | |||
| aneufinder | SingleCell | |||
| CNVetti | SingleCell | Rust | ||
| PennCNV | SNParray | C | PennCNV |
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